В 2015 году Ковальчик стал фигурантом уголовного дела о растратах в МУП «Водоканал», которое он возглавлял с 2010 года. Сумму нанесённого ущерба оценили в 19 млн рублей.
На протяжении 6 месяцев бывший директор находился в следственном изоляторе. Государственное обвинение требовало для него 4 года лишения свободы условно и штраф в размере 200 тыс. рублей. Однако суд полностью оправдал директора МУПа.
Выйдя на свободу, Александр Ковальчик подал в суд на Министерство финансов, требуя компенсацию понесённых судебных расходов и потерянной заработной платы. В итоге судья своим решением обязал ведомство выплатить в пользу министра 3 млн. 190 тыс. рублей, сообщает «ЕТВ».